缺乏統一標準讓冷鏈物流行業受到困擾，也缺乏監管者去嚴格要求企業執行。國家發改委2010年出臺的《農產品冷鏈物流發展規劃》指出，目前冷鏈物流各環節的設施、設備、溫度控制和操作規范等方面缺少統一標準，冷鏈物流各環節的信息資源難以實現有效銜接，在發達國家普遍推行的相關管理辦法和操作規范在我國尚處于推廣的起步階段。冷鏈物流繁榮發展的背后，也存在著問題，缺乏國家統一標準成為了制約冷鏈物流行業健康發展的瓶頸。

2011年初，商務部批準發布了《黃瓜流通規范》等7項國內貿易行業標準，并已開始實施。這7項標準對黃瓜、番茄、青椒、洋蔥、豇豆、鮮食馬鈴薯、冬瓜等主要農產品的商品質量、等級、包裝、標志均做出了規定，對產地采購、運輸、批發、零售等流通過程也提出了具體要求。目前，類似的農產品流通標準不下200個，可大多數仍停留在紙質化階段，對實施情況還缺乏有效的監督。有關專家指出，這主要是因為現在的冷鏈物流標準只是推薦性標準，對不執行標準的相關冷鏈物流公司缺少制約辦法。

目前，有三項重要的關于冷鏈物流產業全局性國標正在制訂之中，預計將于今明兩年先后出臺。